mNGS快速诊断吉拉尔迪嗜铜菌感染COVID-19康复患者案例报道
/ 导读 /
2023年7月，康复大学青岛医院（青岛市市立医院）的韩伟教授团队在International Journal of Infectious Diseases（IF=8.4）杂志发表一篇吉拉尔迪嗜铜菌在COVID-19 康复期患者中引起感染的病例报道，探讨mNGS技术在快速诊断罕见病原体感染中的临床价值。
/ 研究背景 /
吉拉尔迪嗜铜菌（Cupriavidus gilardii）是一种需氧革兰氏阴性杆菌，最早以美国著名微生物学家G.L.Gilardii命名。其特征是周生鞭毛，不能发酵葡萄糖，是一种分布广泛的环境生物。目前已从血液、咽喉、粪便和脓肿标本中零星分离出来。先前的报告将C.gilardii 描述为一种低致病性的微生物，主要可引起机会性感染，并对头孢吡肟、左氧氟沙星等多种抗菌药物表现出敏感性。
迄今为止，仅有5例由C.gilardii 引起的临床感染病例被报道。其中，3例患者存在基础免疫抑制（急性淋巴细胞白血病、再生障碍性贫血和肾移植受者），4例患者接受了侵入性操作。然而，吉拉尔迪嗜铜菌的临床意义仍不明确。
/ 病例介绍 /
男，78岁，因呼吸困难和肢体水肿住院。
患者有多年高血压和冠心病病史；于13年前接受过心脏搭桥手术；4年前接受根治性前列腺切除术，术后未接受任何放疗或化疗。
患者于1月前因COVID-19肺炎住院，在皮质类固醇、无创呼吸机辅助通气和抗生素治疗等治疗后，CT复查显示感染消退后出院。但出院后3d，患者出现进行性呼吸困难和肢体水肿，3d后再次入院。
入院诊断和治疗
患者入院时实验室检查：白细胞总数 7.72*109/L，其中淋巴细胞（T细胞淋巴瘤53.88%，分化簇[CD4+] 47.03%, [CD8+] 11.95%）2.8%，单核细胞 1.2%，中性粒细胞 96%，血红蛋白 171g/l，血小板 77×109/l，C反应蛋白 154 mg/l。动脉血氧分压为80.8 mm Hg。( 1、3)-β-葡聚糖含量 242.21pg/ml。其他实验室指标均在正常范围内。但CT显示双肺感染，病灶增大。
HD1（入院第1天） 根据血常规和CT检查结果，给予哌拉西林-他唑巴坦( 4.5g/8h)和伏立康唑（0.2g/2h）静脉注射治疗。
进一步检查和治疗
HD4 对患者进行支气管镜及肺泡灌洗术，并同时送检肺泡灌洗液和外周血两份样本进行mNGS检测。
HD6 mNGS结果回报双样本中均检出C.gilardii 和烟曲霉，其中C.gilardii 序列数251485和175条，覆盖度分别为85.42%和0.30%（图1）。由于目前尚无针对C.gilardii 感染的治疗指南，参考C.gilardii 感染的相关病例报道后停用哌拉西林-他唑巴坦，改用静脉注射亚胺培南/西司他丁( 0.5g/6h )和米卡芬净(0.1g/1d)进行抗菌治疗，口服甲氧苄啶-磺胺甲恶唑( 0.24g~1.2g/8 h )。
图1 BALF和外周血样本中C.gilardii的覆盖图
HD7 院内肺泡灌洗液培养结果为贪铜菌属和烟曲霉阳性，血培养结果为阴性。
HD8 患者血氧饱和度进一步恶化，行气管插管和机械通气。血常规示：白细胞 7.95×109/l (4.8%的淋巴细胞, 1.4%的单核细胞和93.7%的中性粒细胞)，CRP 290.5 mg/l，PCT 16.62ng/ml，提示患者可能存在严重感染。
HD10 随访X线显示肺部炎症加重。
转归和预后
HD12 患者病情持续恶化，因重症肺炎和脓毒症引起的多器官功能衰竭而死亡。
总结
1. 吉拉尔迪嗜铜菌是一种需氧革兰阴性杆菌，鲜少引起感染，可机会性地感染免疫功能低下的患者，其临床意义仍需进一步探究。
2. 本研究首次报道了在 COVID-19 和皮质类固醇使用后由吉拉尔迪嗜铜菌引起的肺部感染和严重脓毒症的病例，并首次从肺泡灌洗液中分离出该致病菌。但因患者感染严重预后不良，无法评估所选抗生素方案的有效性。
mNGS可进行快速全面的病原体筛查，有助于罕见菌感染的诊断，为其治疗提供临床经验。
该研究使用了迪飞医学mNGS检测技术。
参考文献：
Fang X, Lu K, Sun S, Zhang H, Yu X, Han W. Infection caused by Cupriavidus gilardii in a convalescent COVID-19 patient [published online ahead of print, 2023 Jul 20]. Int J Infect Dis. 2023;134:287-289. doi:10.1016/j.ijid.2023.07.015